মোজাভে মরুভূমির প্রধান পানির উৎস হলো ভূগর্ভস্থ জলাধার, যা বিভিন্ন প্রস্রবণ ও কূপের মাধ্যমে ভূপৃষ্ঠে আসে।

মোজাভে মরুভূমি অত্যন্ত শুষ্ক হওয়ায় এখানে ভূগর্ভস্থ জলাধার বা অ্যাকুইফার থেকে পানি আসে। মরুভূমির নিচে থাকা ভূগর্ভস্থ পানির মজুদ থেকে বিভিন্ন প্রস্রবণ ও কূপের মাধ্যমে পানি বের হয়, যেমন অ্যাশ মিডোস ও শোষোন স্প্রিংস। যদিও কিছু তুষার গলিত পানি (ক) পার্বত্য এলাকায় পাওয়া যায় এবং কলোরাডো নদী (খ) কিছু অংশে প্রবাহিত হয়, তবে এগুলো প্রধান উৎস নয়। হ্রদ (ঘ) সাধারণত এখানে বিরল, তবে কিছু শুকনো হ্রদক্ষেত্র (যেমন ড্রাই লেক বেড) রয়েছে, যা শুধুমাত্র বর্ষাকালে সাময়িকভাবে পানিতে পূর্ণ হয়।