গ্রেট বেসিনে একটি গুরুত্বপূর্ণ পরিবেশগত সমস্যা হলো মরুকরণ, যা অতিরিক্ত জলাভৃতির অভাব এবং প্রাকৃতিক সম্পদের অতিরিক্ত ব্যবহার থেকে শুরু হয়।

গ্রেট বেসিনে মরুকরণ একটি গুরুতর পরিবেশগত সমস্যা, কারণ এটি শুষ্ক অঞ্চল এবং সীমিত জলস্রোত থাকার কারণে আরও বৃদ্ধি পাচ্ছে। অতিরিক্ত পানি ব্যবহার, কৃষি কার্যক্রম এবং বৃক্ষসংকটের কারণে মাটি আরও শুকিয়ে যাচ্ছে এবং উর্বরতা হারাচ্ছে। বন উজাড়, অ্যাসিড বৃষ্টি এবং অতিরিক্ত মাছ ধরা এই অঞ্চলের প্রধান সমস্যা না, তবে মরুকরণ গ্রেট বেসিনের পরিবেশে দীর্ঘমেয়াদি ক্ষতির কারণ হতে পারে।