হারিকেন উপকূলীয় বাস্তুতন্ত্রের উপর একাধিক প্রভাব ফেলতে পারে, যার মধ্যে বাসস্থান ধ্বংস, উপকূলীয় ক্ষয়, এবং জলের লবণাক্ততার পরিবর্তন অন্তর্ভুক্ত।

হারিকেনের কারণে প্রবল বাতাস এবং উচ্চ ঢেউ উপকূলীয় অঞ্চলগুলির বাসস্থান ধ্বংস করতে পারে, যেমন ম্যানগ্রোভ বন এবং জলাভূমি। এছাড়া, শক্তিশালী বন্যা ও তীরের ক্ষয়ের ফলে উপকূলীয় বাস্তুতন্ত্রের স্থিতিশীলতা নষ্ট হয়। হারিকেনের কারণে সমুদ্রের পানি উচ্চ লবণাক্ত হয়ে যায়, যা অনেক প্রজাতির জন্য ঝুঁকি তৈরি করতে পারে।