উপকূলীয় বাস্তুতন্ত্রে জল দূষণের প্রধান কারণ হলো কৃষি জলপ্রবাহ, শিল্প বর্জ্য এবং নগর ঝড়ের জল। এই তিনটি উৎস একত্রে বাস্তুতন্ত্রকে মারাত্মকভাবে প্রভাবিত করে।

কৃষিতে ব্যবহৃত সার এবং কীটনাশকগুলি পানির মাধ্যমে নদী এবং সমুদ্রে চলে আসে, যা পানির গুণমান নষ্ট করে। শিল্প বর্জ্য, বিশেষত রাসায়নিক পদার্থ, জলপ্রবাহে মিশে দূষণ সৃষ্টি করে। নগর অঞ্চলের ঝড়ের জল, যা বিভিন্ন দূষিত পদার্থ নিয়ে সমুদ্রে পৌঁছায়, উপকূলীয় জলজ প্রাণীদের জন্য ক্ষতিকর। এই সব মিলিয়ে উপকূলীয় বাস্তুতন্ত্রে জল দূষণ সৃষ্টি হয়, যা পরিবেশ এবং মানবস্বাস্থ্যের জন্য ক্ষতিকর।