অ্যাপালাচিয়ান অঞ্চলের জীববৈচিত্র্যের একটি বিশেষ বৈশিষ্ট্য হলো এখানে বিরল এবং অনন্য উদ্ভিদ প্রজাতির উপস্থিতি।

অ্যাপালাচিয়ান অঞ্চলের উচ্চতর অঞ্চলগুলিতে অনেক বিরল উদ্ভিদ প্রজাতি দেখতে পাওয়া যায়, যেমন অ্যামরিকান চেস্টনাট (American Chestnut) এবং শীতকালীন ফুলের প্রজাতি। এই অঞ্চলটি পৃথিবীর অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ উদ্ভিদ সংরক্ষণ এলাকা, যেখানে বিভিন্ন ধরনের উদ্ভিদ ও প্রাণী প্রজাতি বিরল এবং বিপন্ন অবস্থায় রয়েছে। এটি বিশেষত গ্রীষ্মমণ্ডলীয় বা আর্দ্র জলবায়ুর কারণে এমন জীববৈচিত্র্য তৈরি করতে সক্ষম হয়েছে।