উপকূলীয় উন্নয়নের সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য প্রভাব হচ্ছে বাসস্থান হ্রাস, যা অনেক প্রাকৃতিক বাস্তুতন্ত্রের ক্ষতি করে।

উপকূলীয় অঞ্চলগুলোতে নগরায়ণ, শিল্পায়ন, এবং কৃষি কার্যক্রম বৃদ্ধির কারণে অনেক প্রাকৃতিক বাস্তুতন্ত্র, যেমন ম্যানগ্রোভ বন, স্যাভানা, এবং সামুদ্রিক ঘাসের ক্ষেত্র কমে যায়। এই বাসস্থানগুলির ক্ষতি প্রাকৃতিক জীববৈচিত্র্যকে হুমকির মুখে ফেলে এবং স্থানীয় প্রজাতির জন্য খাদ্য ও আবাসস্থলের অভাব সৃষ্টি করে। বাসস্থান হ্রাস পরিবেশের দীর্ঘমেয়াদী স্থিতিশীলতা ও স্বাস্থ্যেও নেতিবাচক প্রভাব ফেলতে পারে।